Несмотря на то, что прототипирование снижает вероятность отказа проекта разработки программного обеспечения, эта операция имеет свои риски. Самый большой риск состоит в том, что любой, кто заинтересован в проекте после встречи с рабочим прототипом, решит, что конечный продукт почти готов.
Невозможно обеспечить эффективный и действенный процесс тестирования в кратчайшие сроки. Месяцы и даже годы уходят на планирование и напряженную работу по созданию хорошо функционирующей организации, которая будет в состоянии выполнить работу по тестированию.